М. Ф. Кащенко народився 7 травня 1855 року.

Упродовж 1912–1921 рр. працював професором кафедри зоології сільськогосподарського факультету Київського політехнічного інституту.

М. Ф. Кащенко входив до складу Комісії з розробки законопроекту зі створення Всеукраїнській академії наук (1918). Упродовж 1918–1935 рр. працював у ВУАН. Був головою Фізико-математичного відділу (1918–1919), завідувачем Кафедри акліматизації, Зоологічного кабінету (1918–1921), директором Акліматизаційного саду в Києві (1918–1935), організатором і першим директором Зоологічного музею (1919–1926), членом Комісії з вивчення природних багатств України та Комітету з вивчення фауни України.